El río Acaponeta es un afluente importante para la red de humedales de Marismas Nacionales. El agua de este río favorece al desarrollo de la flora y fauna del sitio, asimismo, al sustento de los nayaritas. Año con año el cauce del río disminuye, las lagunas no se llenan como antes y en consecuencia, hay menos peces y camarones.

Los nayaritas usan el río Acaponeta para actividades comerciales, cotidianas y recreativas. La población desea que el río se preserve libre, y que el gobierno los involucre antes de tomar decisiones sobre el manejo del agua del río.

Por su parte, la Comisión Nacional del Agua (CONAGUA) coordina el programa Reservas de Agua, con el cual buscan intervenir para beneficiar al ecosistema, y a las personas que dependen y obtienen su sustento del agua del río. Pronatura Noroeste está involucrada en este programa y colabora en la determinación del caudal ecológico, para que el agua que necesita la flora y fauna, fluya año con año y tengan un desarrollo ideal.

Esta estrategia integradora que se implementa en la cuenca del río Acaponeta, es replicable para cuencas nacionales donde se requiera obtener resultados similares.

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